8.1.1893 byla vysvěcena a předána jindřichohradecké veřejnosti k užívání nově vybudovaná nemocnice, postavená na pozemku dosavadní Panské louky. Sestávala z hlavní budovy s 52 lůžky, budovy infekční s 18 lůžky a budovy umrlčí. Současně nemocnice získala parcelu č. 406/III a dům č. 47/III pro hospodářské zázemí.

Téměř současně byl Jindřichův Hradec obohacen ještě o jeden zdravotní ústav. Byl to ústav pro výrobu očkovací látky, třetí v celém Rakousku-Uhersku ( jeden byl ve Vídni a druhý ve Lvově ). Ústav zřídil hrabě Černín na popud JUDr. Karla Jičínského, ředitele panství, a podle rad MUDr. J. Rybáka, okresního lékaře. Ústav zahájil činnost v květnu 1892, v roce 1926 byl přeložen do Prahy.

– Ve třicátých letech byla postavena budova dnešní chirurgie a urologie, budova dnešní správy nemocnice a stravovacího provozu a vodojem.

– V roce 1966 byla zprovozněna nová budova mikrobiologie.

– V osmdesátých letech proběhla další etapa výstavby nemocnice. Přibyla kotelna se spalovnou odpadků, trafostanice, sklady MTZ, autodílna, poliklinika a budova patologie. V této době proběhly též rekonstrukce a přestavby budov z minulého století a ze třicátých let.

– V roce 1990 byla postavena prádelna a od roku 1994 probíhají opravy a přestavby dalších budov.

– V roce 1997 byla zahájena stavba nového pavilonu akutní mediciny.

– V květnu 1998 byla přestěhována transfuzní stanice do nově vybudovaných prostor v posledním podlaží polikliniky, kde k 1.6.1998 zahájila provoz. Bývalá budova OTS se začala přestavovat na léčebnu dlouhodobě nemocných.

– K 1.11.1999 zahájila provoz léčebna dlouhodobě nemocných, která vznikla rekounstrukcí budovy bývalé transfúzní stanice.

– 3.10.2001 byl zhájen provoz v pavilonu akutní mediciny. V provozu jsou operační sály, JIP pooperačních oborů, ARO, akutní příjem, RDG, chirurgická a gynekologická ambulance.

– 7.11.2001 byla otevřena nová hlavní brána do areálu nemocnice z Vídeňské ulice. Též byly uvedeny do provozu ostatní provozy pavilonu akutní mediciny, včetně hlavního vstupu do budovy s recepcí.

– V červenci 2003 bylo do provozu uvedeno nově postavené hemodialýzační středisko s nefrologickou ambulancí.

– Ke dni 1.7.2004 přešla záchranná zdravotnická služba pod správu krajského úřadu.

– V červenci 2005 bylo přesunuto oční oddělení do nových prostor zrekonstruovaného přízenmí pavilonu B.

– K 1.1.2006 bylo zrušeno kožní oddělení.

– 1.1.2007 z Okresní nemocnice Jindřichův Hradec – příspěvková organizace stala Nemocnice Jindřichův Hradec a.s..

– V únoru 2007 bylo porodnické oddělení přesunuto do nových prostor zrekonstruovaného pavilonu B.

– 22. prosince 2008 byl uveden do provozu babybox.